En l'an 2552, les Humains de la planète Madrigal se battent pour devenir indépendants de la Terre, mais une rencontre fatale avec une race d'aliens appelés Covenants met fin à la rébellion de la planète. Le major « John » 117 et ses super-soldats Spartans viennent toutefois à bout des forces extraterrestres. Après la bataille, le major doit ramener au Grand Quartier général de l'UNSC, sur la planète Reach, l'unique survivante de Madrigal ainsi qu'un objet mystérieux appartenant aux Covenants découvert sur Madrigal. Jusqu'à ce qu'un ordre controversé amène John à s'interroger sur sa mission et sur lui-même...

John rencontre sa nouvelle partenaire et découvre des secrets cachés dans sa mémoire. Kwan veut retourner sur Madrigal pour poursuivre le combat pour l'indépendance de son peuple mais Soren a d'autres plans pour elle. Makee met son plan à exécution pour retrouver l'objet de Madrigal, avec de funestes conséquences.

Après avoir compris qu'il y a en fait deux artefacts, John perce peu à peu les mystères de ses souvenirs d'enfance. Il emmène le Dr Halsey sur la planète Eridanus II, l'une des installations de « Reach for life », une colonie autrefois dirigée par ses parents. Accompagnée de Soren, Kwan revient, elle, sur Madrigal. Elle veut lever une armée de rebelles.

Au pied du mur, Kwan et Soren doivent trouver une échappatoire, mais leurs différences de points de vue mènent à l’impasse. Avec sa capacité à pénétrer les esprits pour y trouver le mystérieux « Halo », John fait bientôt une effrayante découverte. Une guerre se profile qui menace d’être particulièrement meurtrière.

Au cours de la terrible attaque, les Covenants ont récupéré l'artefact et débarqué Makee qui prétend avoir été leur otage depuis son enfance. L'état de santé de John est préoccupant et Cortana le lui rappelle sans relâche. Makee accepte de donner des informations sur les Covenants mais exige de parler uniquement au major John-117.

Le voyage de Kwan pour découvrir le "véritable but" de sa famille l'emmène profondément dans les déserts de Madrigal. Søren est obsédé par les affaires inachevées.

Le Major sait qu’il possède un don rare, une connexion puissante avec le Halo. Il se livre à Makee, à laquelle il se sent relié, et cherche auprès d’elle des explications sur l’anneau. Le Major apprend alors que la planète Criterion vient d’être attaquée par les Covenants. Les dégâts sont considérables. John demande à Makee son aide pour combattre les extraterrestres.

Makee vole l’artefact et prend la fuite. Le major révèle à ses soldats les véritables intentions d’Halsey, puis les enjoint de rester unis pour retrouver l’artefact. Acculée, Halsey cherche à quitter Reach. John, de son côté, se lance à la recherche de la planète Covenante dans le système Aspero ; la prophétie annonce que le Halo se manifestera là où les astres brillent comme du cristal.